三十世纪时，地球科技进化到了一个高度发达的水平，然而生活在地球表面的人类不知道的是，在地球的内部，存在着另一类智慧生命体。他们从6500万年前就生活在地底世界，面对恶劣的地底环境，拥有了远超人类的先进文明与发达科技，取代人类居住在陆地上是他们的梦想，并且他们也为之制订了长达几千万年的征服计划。随着地球资源日渐贫瘠，人类逐渐向地底探索，他们的计划被迫提前开始。在地球历3047年的年末爆发了一场史无前例的灾难，一种神秘病毒导致全世界三分之二的人出现不同程度的肌肉萎缩，呼吸衰竭和双目失明，最后在痛苦中逐渐死去。一个月后，在南极突然浮出一个巨型基地，这群宣称来自地底的侵略者占领了南岛并宣称要统治地球。由于病毒导致全球95%的男性死亡，一群勇敢的少女自发建立了“祷歌”部队，依靠现有的先进科技武装自己，为守护世界而战。