《代号:找爸爸》是一款画风唯美的解谜类游戏。玛格丽特和艾玛是一对双胞胎的姐妹，由于母亲早早离世，她们与身为生物科学家的父亲一同居住在鸭羽镇的一所旧房子中。3年前，父亲将只有8岁的姐妹俩托付给邻居照顾后独自离开了家，谁也不知道他去向何方。这一天晚上，艾玛发现一直摆在自己房间的家人合影不见了，在寻找照片的同时，她发现家中隐藏着很多秘密，而这些秘密似乎跟父亲离开的原因有关。于是，艾玛与玛格丽特的冒险就此开始。