根据目前情报，本作的故事会以跟动画不同的“另一个世界”为舞台发展。

22世纪……
突然从网路世界诞生的“情报生命体”〈Innocent·Cloud〉，
操控著各处工厂、发电厂、公共交通运输系统，以及军火，开始对人类发起了压倒性的攻击行动。
〈Innocent·Cloud〉因何而生？又为什麽要与人类对立？
在致死率极高的生化武器被“它”广泛使用下，
人们失去了高度情报通讯网、断了彼此的联繫，并在世界各地被逼得走投无路。
就在人类濒临灭亡之际，因尚未高度电子化而幸免感染的兵器之主“Synthetic”被推派出来，作为士兵向〈Innocent·Cloud〉展开反击。
而这场战争也将在没有人类的状况下，永远的陷入胶著之中。
――2209年。
“你”作为要破坏〈Innocent·Cloud〉的新型兵器，在施打抗毒疫苗后作为指挥官，率领著 Synthetic 们潜入了敌人阵营之中。
在那裡，“你”发现了一位与巨大机器相连、瞳孔闪烁著火焰光芒的少女。
受到新型兵器暴走攻击而跌进未知空间的“你”和少女，所要面临的是……周回无数个“世界”、开始无止尽的战斗之旅。