故事的舞台，发生在一片因天使们的争乱而四分五裂的大陆——塞拉菲亚。伴随分裂的影响，拥有强大力量的天使秘宝「安杰洛斯之眼」受到粉碎，并散落到了大陆各地。「安杰洛斯之眼」碎片的掉落之地，不但会异常的使魔物们出现，同时也会给予人类们堪比改变世界的强大动力。于是大陆全土，也就这样陷入了未曾有过的混乱与繁荣。发展过的工业都市、被大自然恩惠的森林地带、受污染的废墟……分裂后的大陆，正分成多个地区独自发展着。在大陆与大陆之间的联系被危险的魔力污染断绝下，虽然大陆之间的往来因此暂停了好长一段时间，但最终有着一群乘坐着特殊「潜空艇」的人出现，并环绕着世界展开冒险。而他们也在不知不觉中，被称作为「破境者」，意即打破境界之人。「破境者」的目标只有一个。那就是前往分列前传言聚集了所有知识、任谁也未曾造访过的传说之地——神之书库为了实现自己的愿望、体现理想，怀有各自目的破境者们，现在将以神之书库为目标踏上旅程。