《飞剑在渊》的故事发生在一个架空修仙世界。自正道和魔门停战言和后，已过千年。玩家将扮演名门正道弹剑山的弟子，奉师命潜伏到宗门的下属势力当中，以应万变。主角李长风凭宗门信物，可获得封隅城修士家族辛家的效命。
游戏战斗机制为回合制卡牌，玩家可通过学习各门派功法神通丰富对敌手段，构筑卡组。