本作冒险的舞台是以人与宝可梦共存的城市为目标，推动都市再开发的「密阿雷市」。因旅行而造访此地的主角，将入住名为「旅馆 Z」的老旧旅馆。以这个地方做为据点，与在密阿雷市相遇的伙伴们一起挑战城市里发生的各种事件。
《宝可梦传说 Z-A》的战斗不同于以往《宝可梦》系列里 1 回合行动 1 次的模式，宝可梦会和训练家一起移动，并同时根据训练家的指示使出招式。除了属性相克之外，增添了替换宝可梦和选择招式的时机、招式的可达范围以及出招速度等新的游戏要素，可以享受前所未有的宝可梦对战也是本作的一大乐趣。