《轩辕剑群侠录》含有系列作品中未公开的隐藏剧情，故事发生在《轩辕剑叁外传：天之痕》结尾之后，在壶中仙的帮助下，撒旦跳转时空，利用反曼陀罗阵，藉由五大神器，扭转了人界的时空法则，使得陈靖仇、赛特、焉逢等12代主角一行人回到唐朝光宅元年，却夺走了他们记忆最深处的善念。主角是否能够唤醒众人，赢得这场这场正邪之战呢？