《武林盟主之小李飞刀》手游背景设定以李寻欢被带往少林，调查“梅花盗”一案作为故事的开端，玩家则视李寻欢为亦师亦友的兄长，故事将分为两条线进行叙述，其一为李寻欢线，其二为玩家故事线，并通过这两条线的逐步展开与交汇，来揭露在古龙笔下无所不知的百晓生，其真实的阴谋，以及金钱帮的野心，并通过玩家与原著中人物的互动，展现更为精彩的江湖故事，游戏既还原了“小李飞刀”原著的故事内容，同时融入了另外一条游戏独有的主角故事线。