内政系统
内政方面，由于城市较多，内政指令也复杂了许多，开发、治水、商业、耕作构成了“内政四要素”，每个月都可以派一名武将担任工作，游戏以“命令书”的方式分派任务，下一个月即可知道工作进度。但是很多工作有快有慢，快的一个月，慢的（如生产武器）则要数月，因此出现一个武将几个月做一件事的尴尬情况。但冗长的内政系统并不影响《三国志3》成为经典之作。
谍报系统
本作的另一个特色就是复杂的碟报系统和计谋、外交指令。敌方城池的资料我方是不可见的，因此可以派人去做间谍，但时间较久，有时长达半年，这样的设定加大了难度，也使得那些无事可做的将领分派到了差事。谋略方面，游戏提供了多种计谋，比如“二虎竞食”、“驱虎吞狼”等等，使得游戏的乐趣又更上了一层楼。此外，游戏的外交系统继承了前作“外交使节”的模型，但可供君主选用的外交策略更多，并且还有军师从旁协助。