未来世界2079年，科技的飞速发展带来的不是全民生活水平的上升，而是让一部分人成为了人上人，他们自称为“天选者”，住在与贫困区隔绝开的天选区中的“上帝城”，与天选区奢侈的生活相比，贫困区的人民苦不堪言。
记忆银行的出现可以让人类的记忆在赛博空间永存，但肉体的永生还未实现。天选区领袖“天主”弗朗麦德组建的圆月议会通过了“永生计划”，以贫民区梵蒂城的贱民作为试验品，探究细胞的永生。但一场寻不到原因的失误使培养液泄露污染了整个梵蒂城，幸存下来的“试验品”中，他们的血液被侵蚀成绿色的剧毒物，身体被扭曲膨胀变成狰狞的怪物。这些变异怪物大部分丧失了灵智以破坏为乐，只剩一小部分还保留着灵智。作为最接近成功的“试验品”——萨尔拉斯，他在这场污染事件活了下来，对天选者的憎恨和愤怒使他与污染液彻底融合，获得了巨大力量的他浑身燃烧着青绿色的复仇火焰。他将发生变异的“试验品”集结，赋予他们更强大的变异力量，在得到他们的臣服之后，从中挑选出两名最强大并且保留着灵智的战士作为天王统领变异生物。一个是主暗杀的动物变异体猴王，一个是主攻城的巨大人类变异体奥尔尼尔。看到变异大军的复仇火焰已经燃烧到极致，萨尔拉斯将这支复仇军团命名为“异军”，开始进攻上帝城。
异军狂暴的毒雾和放射性物质席卷世界，所过之处，城市和人类被极速腐蚀和崩烂，但身体变异物质的突然失控使他们一经遭遇弗朗麦德派出的战斗机器人便溃败，他们最强大的领袖萨尔拉斯也在战斗机器人的围攻下身受重伤。败军逃到了西北极地的一个地下城遗迹阿特兰蒂斯中，发现了未来科技的残骸，无意中启动了未来武器——禁器“时间轴”，打开了时空界域。
千年前的世纪之战被尘封在历史的尘埃中，来自1500年后的星际殖民者星灾军团虽然打败了地球联盟的救援军，但也被时间轴封印在枯寂的时空界域中漂浮了千年，那刀枪不入的强大体质和不灭的战意在时空之力的撕扯下变得黯淡，本应永恒地漂浮在这枯寂的时空直到毁灭，却想不到有一天被打开了一条时空裂缝，但打开时空裂缝的力量显然无法让整个星灾军团走出，伟大的领袖，被称为恶源的暴君将他的两大得力手下，王座——同化者盖布罗，毁灭者厄尼诺尔和20名星灾成员送了出去。面对惊愕的异军，毁灭者厄尼诺尔展现了毁灭一切的无敌力量，同化者盖布罗则利用同化之力直接控制了异军的思维让他们自相残杀。在无可匹敌的强大力量威胁之下，萨尔拉斯不得不宣布对星灾效忠，但早已看出萨尔拉斯二心的盖布罗暗中同化了萨尔拉斯的思维，以防止他的背叛。为了更好地利用异军实现他的目的，盖布罗用未来的科技让异军适应和改造变异的身体并且为他们布局征战人类城市，而毁灭者厄尼诺尔和20名星灾则听从盖布罗的命令跟随在异军身后，隐藏身份助他们击破最强大的敌人。天选者派出的战斗机器人很快溃败。
上帝城的战斗主控室里，那里有一只利用历史上所有智者的神经末梢所培育的智能大脑，以他为中枢，控制着成千上万的战斗机器人，他被天选者称为“天脑”。同化者盖布罗知道天脑的存在后利用未来科技入侵了上帝城的网络，并利用可以产生自我思维的“我思病毒”使天脑产生了思维。天脑利用上帝城里坚硬的振金组成了机械身，率领成千上万的战斗机器人叛离了上帝城，并且利用残留的我思病毒让大部分战斗机器人产生了思维，他们自称为支配，冰冷的机械身散发出冷血与无情，对人类曾经奴役的仇恨覆满了他们每一寸电路，支配的复仇开始了。